生物顯微鏡是一種用來觀察生物切片、生物細胞、細菌以及活體組織培養、流質沉淀等的光學顯微鏡，也可以觀察其他透明或者半透明物體以及粉末、細小顆粒等物體的精密光學儀器。生物顯微鏡用來供醫療衛生單位、高等院校、研究院所用于微生物、細胞、細菌、組織培養、懸浮體、沉淀物等的觀察，可連續觀察細胞、細菌等在培養液中繁殖分裂的過程等。在細胞學、寄生蟲學、腫瘤學、免疫學、遺傳工程學、工業微生物學、植物學等領域中應用廣泛。其光學技術參數包括：數值孔徑、分辨率、放大率、焦深、視場寬度、覆蓋差、工作距離等。這些參數并不都是越高越好，它們之間既相互聯系又相互制約的，實際應用中應當在保證分辨率的基礎上根據鏡檢的目的和實際情況來協調參數間的關系。

1. 按照定位級別分類。可以分為學生級、實驗級、研究級生物顯微鏡。

2. 按照目鏡的個數分類。可以分為單目型、雙目型、三目型生物顯微鏡。

3. 按目鏡和移動臺的相對位置分類。可以分為正置生物顯微鏡和倒置生物顯微鏡。正置(常規)生物顯微鏡的物鏡在移動臺的上方，倒置生物顯微鏡的物鏡在移動臺的下方。

4. 按成像原理分類。可以分為光學生物顯微鏡和電子生物顯微鏡。